眉溪

        七里溪：枋山乡

        太麻里溪：太麻里乡

        八掌溪：嘉义县布袋镇、台南市北门区

        鹿寮溪：满州乡

        保力溪：车城乡

        安朔溪：达仁乡、大武乡

        港口溪：满州乡

        达仁溪：达仁乡

        水里溪

        浊口溪

        乌万溪（大鸟溪）：大武乡

        加走寮溪

        溪仔口溪：满州乡

        清水大排水沟（米粉寮溪）：清水区

        猫罗溪

        南兴溪：大武乡

        乌溪：龙井区、彰化县伸港乡

区

        无水溪：满州乡

        太平溪：台东市

        北港溪：云林县口湖乡、嘉义县东石乡

        金崙溪：太麻里乡

        鹿耳门溪：安南区

        东港溪：新园乡、东港镇

        四重溪：车城乡

        郡大溪

        卑南溪：台东市

        八掌溪：布袋镇、台南市北门区

        林边溪：林边乡、佳冬乡

        重溪

        二林溪：芳苑乡

        拉库音溪

        塔瓦溪：屏东县牡丹乡、台东县达仁乡

        三叠溪

        后堀溪

        旗山溪

        大石盘溪（石盘溪）：枋山乡

        将军溪：北门区、将军区

        浊水溪：大城乡、云林县麦寮乡

        后劲溪：楠梓区

        白水溪

        旧虎尾溪：台西乡、四湖乡

        万大溪

        急水溪：北门区

        九棚溪：满州乡

        美溪

        隘寮溪

        大武溪：大武乡

        十里溪：枋寮乡（地图未标示）

        竹坑溪：枋山乡、车城乡

        枫港溪：枋山乡

        拉布拉溪：太麻里乡

        菜寮溪

        南势湖溪：枋山乡

        云林县

        文里溪（北太麻里溪）：太麻里乡

        员林大排：鹿港镇、福兴乡

        埤日溪：满州乡

        北港溪：口湖乡、嘉义县东石乡

        社皆坑溪：车城乡

        鱼寮溪：大城乡

        台东县

        南港溪

        万丈深坑溪：满州乡

        内寮溪：枋寮乡

        朴子溪：东石乡

        牛挑湾溪：口湖乡

        乌溪：台中市龙井区、彰化县伸港乡

        前镇河：前镇区

        大竹溪：大武乡、太麻里乡

        台南市

        二仁溪：南区、高雄市茄萣区

        狮子溪：枋山乡

        龙溪：布袋镇

        陈有兰溪

        高屏溪：林园区、屏东县新园乡

        盐水溪：安南区、安平区

        港子溪：满州乡

        合欢溪

        彰化县

        刣牛溪：恆春镇

        浊水溪：彰化县大城乡、云林县麦寮乡

        屏东县

        社口溪

        安良港大排（南势溪）：清水区

        卡社溪

        枋山溪：枋山乡

        新虎尾溪：麦寮乡、台西乡

        津林溪（加津林溪）：大武乡

        阿公店溪：永安区、弥陀区

        汉宝溪：福兴乡、芳苑乡

        番雅沟：线西乡、鹿港镇

        塔瓦溪：牡丹乡、台东县达仁乡

        乾溪：牡丹乡

        大湖口溪

        二仁溪：台南市南区、高雄市茄萣区

        清水溪

        洋子溪（洋仔厝溪）：鹿港镇

        前溪

        七溪：七区

        鹿野溪

        高雄市

        石牛溪：恆春镇

        荖溪

        朝庸溪：大武乡

        利嘉溪：台东市

        爱河：鼓山区、苓雅区

        嘉义县

        后港溪：芳苑乡

        宝来溪

        高屏溪：高雄市林园区、屏东县新园乡

        南湖溪

        率芒溪（士文溪）：枋寮乡、枋山乡

        旭海溪：牡丹乡

        知本溪：太麻里乡、台东市

        丹大溪

        南仁鬱溪：满州乡

        典宝溪：梓官区、楠梓区

        大溪：牡丹乡

        曾文溪：七区、安南区

        旧浊水溪：福兴乡

        志乐溪